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É considerado berçário de reprodução de peixes. Em diversas fazendas por onde passa, o rio é protegido contra a pesca
Com base nos resultados obtidos em laboratório e nas constatações em campo, o Instituto de Meio Ambiente de Mato Grosso do Sul (Imasul) concluiu que a morte dos peixes foi ocasionada por um fenômeno natural característico do ecossistema do Pantanal conhecido como “decoada”.
Este fenômeno ocorre com o consumo excessivo de oxigênio para oxidação da matéria orgânica, associado à menor taxa de dissolução deste gás no ambiente devido a temperatura mais elevada das águas, resultando em variações do nível de água no complexo baía-rio.
De acordo o resultado do relatório, os níveis de oxigênio dissolvido na coluna de água, desde a superfície até ao fundo, dos ambientes investigados apresentaram-se extremamente baixos, menores que 2,0 mgO2/L. A temperatura da água desses ambientes também estava alterada, acima de 30°C. Havia excesso de matéria orgânica na água das baias e as duas baias estavam eutrofizadas, principalmente pelo fósforo, porém, sem floração de algas.
Ainda de acordo com o relatório, houve a morte de peixes de todos os níveis tróficos e não foi detectada a presença de princípios ativos de agrotóxicos nas amostras analisadas.
Os técnicos detectaram ainda que o ambiente já estava em recuperação, conforme foi observado peixes juvenis e alevinos. O rio Negro é um dos principais rios pantaneiros, responsável pela formação da sub-bacia do Rio Negro. É considerado berçário de reprodução de peixes. Em diversas fazendas por onde passa, o rio é protegido contra a pesca.
A única modalidade de pesca praticada no rio é o pesque-solte, determinada através de um decreto Estadual. O rio é protegido como reserva de recursos pesqueiros.
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